Bola postavená v rokoch 1842 – 1846 ako jednopodlažná klasicistická stavba s rovným trámovým stropom a strohým interiérom bez plastickej výzdoby. Súčasnú podobu získala po rozsiahlej prestavbe v roku 1906, ktorá sa realizovala podľa projektu budapeštianskeho architekta Leopolda Baumhorna. Do pôvodného základu bola vstavaná nová konštrukcia z oceľových nosníkov a stĺpov, čo projektantovi umožnilo do celého konceptu zabudovať i galérie pre ženy (empory) a trojloďový priestor synagógy zaklenúť. Pôvodný klasicistický exteriér sa prestavbou prepojil s novým, bohato zdobeným secesným interiérom. Okrem modro-zlatej štukovej výzdoby a viacerých architektonických prvkov dotvárali v minulosti secesný charakter interiéru i kovové lustre či vitrážové okná s kvetinovými motívmi. Z pôvodného interiérového zariadenia sa však zachovali len radové drevené lavice na galériách. Po druhej svetovej vojne synagóga prestala slúžiť svojmu niekdajšiemu účelu. V roku 1979 ju od židovskej náboženskej obce odkúpil mestský národný výbor, niekoľko rokov potom slúžila ako sklad, čo viedlo k značnému poškodeniu jej interiéru. Po roku 1990 investovalo mesto Liptovský Mikuláš na záchranu tejto jedinečnej kultúrno-historickej pamiatky viac ako 166 tisíc eur. V súčasnosti synagóga opäť patrí Ústrednému zväzu židovských náboženských obcí v Slovenskej republike a je v správe mestského Múzea Janka Kráľa. V letných mesiacoch je sprístupnená verejnosti a využíva sa i ako priestor pre rôzne kultúrne podujatia.